北大附中深圳南山分校創(chuàng)辦于2000年5月20日。由深圳市南山區(qū)教育局和北京大學附屬中學聯(lián)合創(chuàng)辦，是為明教育集團開辦的第一所寄宿制國有民辦學校。 有六十多人以優(yōu)異成績先后考入英國劍橋大學、美國圖蘭大學、加拿大多倫多大學、澳大利亞悉尼大學、日本早稻田大學等國外知名學府深造，有二百多人考入國內北大、清華、中國人大、香港大學等重點大學學習。

先后被評為：“廣東省一級學?！薄ⅰ皬V東省首屆十佳民辦學?！薄皣沂讓媒逃蒲邪購娦！?、“廣東省普通高中教學水平優(yōu)秀學校”、“廣東省現(xiàn)代教育技術實驗學校”、深圳市2011-2014年（高爾夫）體育傳統(tǒng)項目學校、“南山區(qū)教育現(xiàn)代化示范校”、“南山區(qū)泛在學習實驗學?！?。