中科院上海分院系統(tǒng)現(xiàn)有19家機(jī)構(gòu)（含上海分院）：上海微系統(tǒng)與信息技術(shù)研究所、上海硅酸鹽研究所、上海光學(xué)精密機(jī)械研究所、上海應(yīng)用物理研究所、上海技術(shù)物理研究所、上海有機(jī)化學(xué)研究所、上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所、分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心、腦科學(xué)與智能技術(shù)卓越創(chuàng)新中心、分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心、上海天文臺(tái)、上海藥物研究所、上海巴斯德研究所、福建物質(zhì)結(jié)構(gòu)研究所、寧波材料技術(shù)與工程研究所、城市環(huán)境研究所、上海高等研究院、微小衛(wèi)星創(chuàng)新研究院。