菏澤職業(yè)學院設商貿物流系、機電工程系、交通工程系、信息工程系、經濟管理系、食品與化學工程系、建筑工程系、旅游管理系、五年大專部、基礎教學部共10個系部?，F開設電子商務、物流管理、會計、機電一體化技術、電梯工程技術、工業(yè)機器人技術、計算機應用技術、動漫制作技術、汽車檢測與維修技術、新能源汽車技術、應用化工技術、工業(yè)分析技術、食品生物技術、建筑工程技術、建筑裝飾工程技術、光伏發(fā)電技術與應用、分布式發(fā)電與微電網技術、旅游管理、空中乘務、音樂表演、互聯網金融21個專業(yè)。